El departamento de Vaupés está dividido en 3 municipios: Mitú, ciudad capital, Carurú y Taraira, 3 corregimientos departamentales, Pacoa, Papunaua y Yavaraté; 2 corregimientos municipales, Acaricuara y Villafátima, 10 inspecciones de policía, numerosos caseríos y sitios poblados.

Los municipios y corregimientos departamentales están agrupados en un círculo notarial, con una notaría, un círculo principal de registro con sede en la capital; pertenece al distrito judicial de Villavicencio, es cabecera de círculo judicial. El departamento constituye la circunscripción electoral del Vaupés.La totalidad de la jurisdicción departamental pertenece a la cuenca del río Amazonas; sus territorios son en general planos y en ellos se destacan como accidentes orográficos las mesas Cubiyú y Carurú, y los cerros Camarao, Japín, Omudo y Tipiaca.

Las condiciones climáticas de la región son las típicas de la zona de transición entre las llanuras de la Orinoquía y las selvas de la Amazonía; por la conformación de la topografía de la zona, en ella solo se presenta el piso térmico cálido, con temperaturas que oscilan entre los 27 y los 30° C, dependiendo de la época del año. En la parte sur del territorio departamental, las lluvias son abundantes, superando los 3.000 milímetros anuales.En los años de la colonia y primeros de la república, el terreno formó parte de la jurisdicción de la provincia de Popayán; durante la Gran Colombia, entre 1821 y 1830, perteneció al departamento de Boyacá; entre 1831 y 1857, hizo parte del Tarritorio Nacional del Caquetá; en 1857, dentro de la jurisdicción del Caquetá, pasó a pertenecer al Estado Federal del Cauca, y en 1886, al Departamento del Cauca. En 1910, fue creada la comisaría del Vaupés, con capital en el pueblo de Calamar, hoy perteneciente al Guaviare, segregando sus territorios de los del Caquetá; a mediados del siglo XX, la capital fue trasladada al pueblo de Mitú, con el ánimo de afirmar la soberanía nacional en la frontera con la república del Brasil. En los años 1963 y 1977, de sus territorios fueron segregados respectivamente los de las comisarías del Guainía y Guaviare, después de lo cual el Vaupés adquirió su actual configuración.

Con el auge de la explotación cauchera de finales del siglo XIX y principios del siglo XX, se inició la colonización de los territorios del Vaupés, la que extinguió la mayor parte de la población indígena.

Los servicios, prestados principalmente por el Estado, la pesca y la explotación forestal, son las principales actividades económicas del departamento del Vaupés. En sus territorios se encuentran en explotación algunos yacimientos auríferos, de los que el producto es sacado en su mayor parte para el vecino país del Brasil.