A comienzos del siglo XX, varios colonos penetraron a la región por el río Guaviare y construyeron sus ranchos sobre su margen derecha. Hasta éste punto, posteriormente fueron llegando los caucheros en su paso hacia Calamar y poco a poco se fue formando el pueblo origen de la actual capital departamental; aquello sucedía en 1910. Cuando los señores Homero Benjumea, Dionisio Rodríguez, Pablo Espitia, Felix Restrepo, Carlos Durán y Nepomuceno González, llegaron al caserío, el 19 de marzo de ese año, lo bautizaron con el nombre del santo, San José, y le agregaron el nombre del río. Al fundarse Mitú en 1931, por Miguel Cuervo Araoz, comisario del Vaupés, y ser trasladada a ella la capital de la división territorial, Alamar, que era el pueblo donde funcionaba, casi desaparece, pero en cambio, San José del Guaviare experimentó un gran surgimiento. En 1943 se le dio impulso al comercio con la creación del primer granero y en 1950 se inauguraron las primeras iglesia y escuela. En la violencia de 1952, las casas fueron incendiadas y sus habitantes se dispersaron para volver al poco tiempo, debiendo reconstruir el pueblo casi en su totalidad; en 1958, se creó la primera empresa pesquera.

Se destacan como importantes sitios turísticos del departamento del Guaviare, los balnearios de Agua Bonita y Villa Luz, las pinturas rupestres del río Guayabero y del caño Dorado, únicos en el mundo con vivos colores, el imponente raudal del Guayabero, hermosos puentes naturales, la ciudad de piedra, aguas termales, únicas en la Orinoquía y Amazonía, el Parque Nacional Natural del Chibiriquete, y un sinnúmero de lagos y lagunas, entre ellos, la laguna Pabón, cerca de la cual se encuentran los Nukak Makú, última tribu nómada y recolectora del planeta.