La economía del Caquetá se fundamenta principalmente en la producción ganadera y agrícola aunque también tiene importancia la explotación minera y el comercio. La ganadería constituye la principal fuente productiva del departamento, seguida de la actividad agrícola, la cual se fundamenta en los cultivos tradicionales de subsistencia, tales como el maíz, plátano, yuca, caña panelera, arroz secano, palma africana, cacao, fríjol y sorgo. Se extraen en pequeña escala oro y plata, hidrocarburos, asfalto, mármol, calizas, aluminio, cobre, yeso y granito. La actividad manufacturera se limita a la producción de bienes de consumo como licores y gaseosas. También se encuentran pequeñas empresas machiembradoras, fábricas de baldosines y talleres de ornamentación.

El departamento del Caquetá ofrece innumerables atractivos turísticos desde el punto de vista natural, cultural y científico. Los hermosos paisajes de cordillera, selva y llanura ofrecen, al visitante lugares de exótica belleza, abundante verdor y caprichosas formas; entre ellos sobresalen, aparte de los parques naturales, El Picacho y Serranía de Chiribiquete, la serranía de Araracuara y los llanos del Yarí. El museo etnográfico del Caquetá y el sitio arqueológico El Encanto, en Florencia, constituyen importantes sitios de interés cultura.